Chặng Đường Dài Đấu Tranh Của GHPGVNTN
(Từ sau năm 1975 đến nay)
Như hoà nhập vào giòng đấu tranh của dân tộc sau khi cộng sản Việt Nam tiến chiếm xong miền Nam, đặt ách thống trị lên cả nước, tiến hành chính sách triệt hạ tôn giáo, thực thi khẩu hiệu "một sư một chùa", giải tán tăng ni buộc đi nghĩa vụ..., cuộc đấu tranh bảo tồn đạo pháp của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống Nhất (GHPGVNTN) đã được khởi xướng ngay những năm sau biến cố tháng 4-1975.
Năm 1977, Đại Hội Kỳ 7 của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất tổ chức tại chùa Ấn Quang đã suy cử Hòa Thượng Thích Đôn Hậu giữ trách vụ Chánh Thư Ký Viện Tăng Thống.
Trong thời gian 1976-1977, có tất cả 14 Tăng Ni ở Cần Thơ, Quảng Ngãi, Khánh Hòa đã đồng loạt tự thiêu phản đối sự đàn áp của chính quyền CSVN, sau khi CSVN bắt giam một số giáo phẩm cao cấp, trung cấp của Giáo Hội PGVNTN như Hòa thượng Thích Đức Nhuận, Thượng tọa Thích Thiện Minh, Thích Tuệ Sĩ, Thích Trí Siêu... Ngày 6-4-1977 CSVN bắt giam H.T Thích Quảng Độ trong trại giam Phan Đăng Lưu ở Bà Chiểu, Gia Định đến ngày 12-12-1978, vì tội "làm việc tôn giáo cũng là làm chính trị".
Năm 1978: Chánh Thư Ký Viện Tăng Thống, Hòa thượng Thích Đôn Hậu, viết thư cho nhà cầm quyền Cọng sản phản đối "Những vụ bắt bớ, giam cầm nhiều vị Thượng tọa trong Hội đồng lãnh đạo cao cấp của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất và trong các Ban Đại diện Tỉnh" trong suốt 2 năm qua, mà không được trả tự do, cũng không xét xử vì tội trạng gì họ bị giam giữ. Đặc biệt là vụ công an bắt giam và tra tấn Thượng tọa Thích Thiện Minh đến chết.
Năm 1979, ngay khi đức Đệ Nhị Tăng Thống GHPGVNTN viên tịch, Đại Hội kỳ 8 chưa kịp tổ chức thì Hà Nội đã gia tăng đàn áp tối đa GHPGVNTN bằng cách quản thúc Hòa Thượng Thích Huyền Quang, Hoà thượng Thích Quảng Độ, và tra tấn đến chết Hòa Thượng Thích Thiện Minh trong nhà tù Hàm Tân (10/1978). Trong tình trạng trên, Hội Đồng Lưỡng Viện của Giáo Hội đã cung thỉnh Hòa Thượng Thích Đôn Hậu, đang là Tổng Thư Ký Viện Tăng Thống, kiêm luôn trách vụ Xử Lý Viện Tăng Thống.
Năm 1980, nhà cầm quyền cộng sản Việt Nam đã triệu tập một phiên họp tại trụ sở Trung Ương Mặt Trận Tổ Quốc tại Sài Gòn để thống nhất Phật Giáo theo sự chỉ đạo của Đảng, để làm chỗ dựa vững chắc cho Đảng, do Tổng Bí Thư đảng cộng sản Việt Nam đương thời là ông Nguyễn Văn Linh chủ tọa. Hòa Thượng Thích Đôn Hậu, Hòa Thượng Thích Trí Thủ đã phản đối âm mưu này.
Đến năm 1981 nhà cầm quyền CSVN mới áp đặt dựng lên một giáo hội mới của nhà nước với tên gọi là Giáo Hội PGVN, ép buộc một số giáo phẩm tham gia và trưng dụng tất cả cơ sở của Phật Giáo. Ban tổ chức Đại hội Thống nhất Phật giáo của Nhà nước gởi thư mời Hòa thượng tham dự đại hội, tổ chức tại chùa Quán Sứ, Hà Nội, từ ngày 4 đến 7.11 dương lịch. Nhưng Hoà thượng từ chối không tham dự. Mặc dù vắng mặt, Đại hội này vẫn cung cử Hòa thượng vào chức Đệ nhất phó Pháp chủ kiệm Giám luật Giáo hội Phật giáo Việt Nam (Nhà nước). Hoà thượng lại viết thư từ khước, vì lý do Hòa thượng "còn một trách nhiệm lớn đối với Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, trong cương vị Chánh Thư ký kiêm Xử lý Viện Tăng Thống". Kể từ đó GHPGVNTN bị trù dập cấm đoán gắt gao hơn.
Tháng 2.1982 nhà cầm quyền CSVN trục xuất Hoà Thượng Thích Quảng Độ, Thích Huyền Quang khỏi thành phố Sài Gòn, lưu đày quản chế tại quê quán.
Ngày 14.7.1982, nhân danh Chánh Thư ký kiêm Xử lý Viện Tăng Thống, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, Hòa thượng Thích Đôn Hậu đã ký công văn số 02-82/Viện Tăng Thống, gởi cho Hòa thượng Thích Trí Thủ, Chủ tịch Hội đồng Tri sự Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam của Nhà nước, cực lực phản đối việc Ban Tri sự Thành hội Phật giáo Thành phố Hồ chí Minh ngang nhiên đến đoạt thủ Trụ sở Trung ương của Hội đồng Lưỡng viện Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất tại chùa Ấn Quang, Sài Gòn. Cũng trong năm này, H.T Đôn Hậu bắt đầu lặng lẽ một mình trong liêu, tự mình điều chỉnh máy ghi âm, và tự thuật khoảng đời giông tố đã qua vào hai cuốn băng từ, dài 135 phút. Các câu chuyện kể trong "Lời tự thuật" này là sử liệu quan trọng và vô giá cho dân tộc và Phật giáo Việt Nam ở hậu bán hế kỷ XX
Từ ngày 25-3 đến ngày 1.4.1984, Nhà cầm quyền CSVN lại lục soát chùa Già Lam, bắt giam các Đại Đức Thích Tuệ Sỹ, Thích Trí Siêu (Lê Mạnh Thát), Thích Nguyên Giác, cùng lúc bắt Đại Đức Thích Như Minh và Sư Cô Thích Nữ Huệ Khương tại trường Cao cấp Phật học Vạn Hạnh, và bắt Sư Cô Thích Nữ Trí Hải đang hướng dẫn Phật tử tu tập tại chùa Diệu Pháp, Hố Nai.. Sau đó đem xử kết án tử hình Đại đức Thích Tuệ Sỹ, Thích Trí Siêu vào tháng 9.1988, gán cho tội tàng trữ vũ khí tại chùa Già Lam, cùng sách báo phản động, và tội tổ chức kháng chiến võ trang để lật đổ Nhà Nước Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam. Do sự can thiệp của quốc tế, bản án được hạ xuống còn 20 năm. Hòa thượng Thích Trí Thủ được ghi nhận bị bức tử ngày 1-4 sau nhiều ngày làm việc căng thẳng với công an.
Ngày 10.12. 1985, Hòa thượng Thích Đôn Hậu đã viết thư cho Bộ trưởng Bội Nội vụ CSVN Mai chí Thọ, yêu cầu trả tự do cho các Đại Đức Tâm Phật Trí Siêu (Lê Mạnh Thát), Nguyên Chứng Tuệ Sỹ và Thích Nguyên Giác.
Ngày 31.10. 1991, nhân danh Chánh Thư ký kiêm Xử lý Viện Tăng Thống Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, Hòa thượng Thích Đôn Hậu gởi Thông Điệp đến chư Tôn Hòa thượng, Thượng tọa, Đại đức Tăng Ni và Đồng bào Phật tử Việt Nam ở Hải ngoại gồm 4 điều. Qua đó, Hòa thượng khuyến thỉnh thành lập một Giáo hội hợp nhất, lấy tên là Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất tại Hải ngoại. Nguyên tắc tổ chức căn bản dựa theo Hiến chương của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất đã ban hành ngày 04.1.1964 và đặt dưới sự điều hành của Hội đồng Lưỡng viện Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất tại quê nhà. Bức Thông Điệp của Hòa thượng đã được sự hưởng ứng nồng nhiệt của tất cả mọi tổ chức Phật giáo Việt Nam trên thế giới.
Ngày 15.11.1991, Hòa thượng XLTV Viện Tăng Thống gởi bản "Chúc Thư" đến chư Tôn Hòa thượng, chư Thượng tọa trong Hội đồng Lưỡng viện Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất. Bản Chúc thư gồm 5 điều, thể hiện quyết tâm cao cả của Ngài, là mong quý Hòa thượng, Thượng tọa trong Hội đồng Lưỡng viện đặc biệt lưu tâm đến những vấn đề quan trọng của Giáo hội, dù ở hoàn cảnh khó khăn nào cũng phải bảo vệ và phát huy cho được sự toàn vẹn và lớn mạnh của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất. Vì GHPGVNTN là Giáo hội duy nhất được sự truyền thừa của chư Lịch đại Tổ sư, qua suốt dòng lịch sử huy hoàng 2000 năm của Phật giáo Việt Nam. Ngài trao quyền điều hành Giáo hội cho các Hòa thượng Thích Huyền Quang, Thích Pháp Tri và Thích Quảng Độ, cùng tiến hành tổ chức Đại hội VIII, và đặc việt lưu tâm đến Giáo Hội ở Hải ngoại.
Ngày 23.4.1992, Hòa Thượng Thích Đôn Hậu viên tịch tại chùa Linh Mụ ở Huế. Ngài để Chúc thư lại trao quyền Viện Trưởng VHĐ cho Hòa Thượng Thích Huyền Quang. CSVN muốn phủ đầu Phật Giáo bằng hành động tìm cách biến nghi thức tang lễ Tôn giáo của Hoà Thượng Thích Đôn Hậu thành lễ truy điệu cán bộ Đảng và ngăn cản không cho Hoà Thượng Thích Huyền Quang và các hàng giáo phẩm GHPGVNTN về dự tang lễ. Âm mưu này gặp phải sự chống đối quyết liệt của chư tăng ni giáo phẩm GHPGVNTN. Ngày 24.4.1992, HT Thích Huyền Quang tuyên bố sẽ cùng nhiều tăng sĩ tuyệt thực và tự thiêu, nếu Nhà nước CSVN không cho Ngài đứng ra tổ chức Tang Lễ Cố HT Thích Đôn Hậu, đồng thời vào ngày 26.4.1992, HT Thích Huyền Quang chuyển thư đến Ủy Ban Nhân Quyền tại Liên Hiệp Quốc, tố cáo CSVN chà đạp tôn giáo, vi phạm nhân quyền, và yêu cầu Liên Hiệp Quốc can thiệp. Nhà cầm quyền CSVN đã đặt các nút chặn trên các ngả đường về Huế khiến xảy ra nhiều cuộc ngồi lì của chư tăng ni phản đối làm ùn tắc lưu thông trên quốc lộ, nên đã nhượng bộ cho chư tăng ni và H.T Thích Huyền Quang vào Huế dự tang lễ. Cùng lúc đó, trong lúc chuẩn bị cho tang lễ, ngày 30.4.1992 Đại Đức Thích Hải Tạng, chánh thư ký Ban Trị Sự của GHPGVNTN, đã gởi thư cho Thầy Thích Hạnh Tuấn ở Hoa Kỳ, cáo giác cho biết CSVN đã cố ý đặt huân chương Hồ Chí Minh trước linh đài của Cố HT Thích Đôn Hậu. Tưởng cũng nên biết cũng nằm trong âm mưu này, hồi Mậu Thân năm 1968, HT Thích Đôn Hậu đã bị CSVN cưỡng bức bắt cóc ra đem ra Bắc. Ngày 2.5.92, các Tăng sĩ Thích Nhật Liên, Thích Trí Tựu, Thích Hải Tạng cùng một số tu sĩ miền Trung đã gởi thơ lên Hội đồng Nhà Nước và Ban Tôn Giáo, cho biết sẽ tuyệt thực tập thể trước kim quan của Hoà Thượng Thích Đôn Hậu, yêu cầu Nhà Nước tách ra khỏi Ban Tang Lễ, và không đọc điếu văn. Tang lễ được Hội đồng Lưỡng viện Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất cùng Ban tổ chức tang lễ cử hành đúng theo lời Di huấn tha thiết của Ngài là đơn giản, trang nghiêm, đạo vị, và yêu cầu "các cơ quan, đoàn thể công tư có lòng đến thăm viếng, phúng điếu, xin mời giữ yên lặng tưởng niệm là đủ. Miễn tất cả sớ ai, điệp ai, tiểu sử hoặc tuyên dưong công đức... trái với tinh thần vô ngã, vô tướng của Phật Pháp.
Trong thời gian tang lễ diễn ra, ngày 3.5.1992, lần đầu tiên, toàn thể Ban Lãnh Đạo của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất đã hội họp công khai tại Huế, khẳng định cứu nguy Đạo Pháp và Dân Tộc, theo tinh thần Chúc Thư của cố Đại Lão Thích Đôn Hậu. Cùng ngày, Lễ Trao Ấn Tín Viện Tăng Thống và Chúc Thư tại tang lễ ở chùa Linh Mụ (Huế), do Hoà Thượng Thích Nhật Liên, trưởng đệ tử của Cố Hoà Thượng Thích Đôn Hậu, đại diện toàn thể Phật Tử Việt Nam, trao cho Hoà Thượng Thích Huyền Quang, Quyền Viện Trưởng Viện Hoá Đạo GHPGVNTN.
Ngày 25.6.1992, trước sự can thiệp ngày càng thô bạo vào nội tình tôn giáo, Hoà Thượng Thích Huyền Quang, Quyền Viện Trưởng Viện Hoá Đạo, gởi lên 6 cơ quan của Nhà Nước Cộng Hòa Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam một văn kiện 8 trang, với tựa đề là ĐƠN XIN CỨU XÉT NHIỀU VIệC, nội dung yêu cầu nhà nước giải quyết 9 điểm, liên quan đến việc áp chế Giáo Hội PGVNTN. Trong đó 4 nguyện vọng đáng chú ý như sau: - Trả lại cho GHPGVNTN quyền sinh hoạt bình thường trong pháp luật nhà nước như trước năm 1975. - Trả tự do cho tất cả Tăng ni, Phật tử, nhà văn, nhà báo, các nhà chính trị... đã bị giam giữ lâu ngày không xét xử hoặc xét xử bất công. Tôn trọng tự do tôn giáo và quyền làm người của những ai đã bị tước đoạt, trong đó có tôi (cá nhân Thích Huyền Quang) và chư vị Thích Quảng Độ, Thích Đức Nhuận, Thích Tuệ Sĩ, Thích Trí Siêu,... và tu sĩ các tôn giáo khác. - Trả lại tất cả các Tu viện, các cơ quan, văn phòng trụ sở, các cơ sở văn hóa, xã hội từ thiện... của giáo hội chúng tôi từ trung ương đến địa phương, đã bị nhà nước và giáo hội do nhà nước dựng lên chiếm dụng phi pháp hơn 11 năm qua. Kể cả các Tu viện ở miền Bắc bị nhà nước chiếm dụng sau năm 1945.
Hành động "cắt đứt chân tay" của CSVN đã được áp dụng. Sáng ngày 5.9.1992, Đại Đức Thích Thiện Ân 28 tuổi, tại chùa Hoa Nghiêm Thủ Đức. Thầy Thiện Ân bị công an tra tấn đến chết tại Sở Công An, lúc 3 giờ chiều cùng ngày. Mãi đến ngày 9.9.1992, thân nhân Đại Đức Thích Thiện Ân được thông báo đi lãnh xác Thầy tại nhà thương Chợ Rẫy, với lời giải thích "tự tử trong lúc giam cầm".
Ngày 2.10.1992, tại Sài Gòn, Thượng Tọa Thích Không Tánh, trụ trì ở chùa Liên Trì Thủ Đức, bị bắt vì lý do "ra khỏi chùa không có giấy phép". Sau đó bị kết thêm tội "mang tài liệu chống phá Cách Mạng và Nhà Nước". Biên Bản Khám Xét Chùa của công an TP Hồ Chí Minh ghi có 9 tài liệu (nội bộ Phật Giáo) bị tịch thu. Thầy Thích Trí Lực cũng bị bắt trong thời gian này.
Ngày 3 và 4.11.1992, Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam (tức Giáo Hội Nhà Nước) tổ chức Đại Hội Phật Giáo kỳ III tại thủ đô Hà Nội, tái phối trí nhân sự và kế hoạch hoạt động của Giáo Hội này. Trong thời gian này, Hòa Thượng Thích Huyền Quang phổ biến TUYÊN CÁO (số 24/VPLV-VHD), ngày 7.11.1992, gởi thủ tướng CSVN, tố cáo Đảng đã lợi dụng và lũng đoạn Phật Giáo. Tuyên Cáo phủ nhận Đại Hội Phật Giáo nhà nước cộng sản kỳ III, khẳng định sức mạnh vô uý của Phật Giáo trong cuộc đấu tranh bất bạo động hiện nay, và yêu cầu thế giới hãy tiếp tục yểm trợ cho Phật Giáo Việt Nam. Ngài viết: "Nếu trong những ngày sắp tới, trong cuộc vận động phục hồi sinh hoạt của GHPGVNTN bị nhà nước dẹp tan bằng bạo lực, thì coi như GHPGVNTN chết, và đương nhiên, tất cả mọi thứ nhân quyền, dân chủ, tự do trên đất nước này cũng sẽ không còn".
Trong thời gian này GHPGVNTN tại Hải ngoại đã được thành lập, và Hội Đồng Lưỡng Viện GHPGVNTN ra quyết định số 27-VPLV-VHĐ công nhận GHPGVNTN Hải Ngoại tại Hoa Kỳ, được coi như Văn Phòng II Viện Hóa Đạo Lưu Vong, đại diện toàn quyền Giáo Hội PGVNTN quốc nội trong thời gian vô hạn định.
Ngày 6.1.1993, 56 Hoà Thượng, Thượng Tọa ở 17 Chùa tại Huế đồng ký KIẾN NGHị THƯ SỐ 1, gởi cho Ban Tôn Giáo CSVN, phủ quyết toàn bộ danh sách nhân sự tấn phong vào đơn vị Thừa Thiên-Huế, qua Đại Hội Phật Giáo (Nhà nước) Kỳ III. Bản Kiến Nghị yêu cầu Ban Tôn Giáo nhà nước "đừng can thiệp và nội bộ Phật Giáo, nhất là đừng cử cán bộ vào làm việc trong guồng máy lãnh đạo của Giáo Hội, để Phật Giáo tự định liệu lấy công việc của chính mình, nhằm phù hợp với tinh thần tôn trọng tự do tín ngưỡng mà Hiến Pháp nước CHXHCN Viêt Nam đã quy định" (có nhiều vị ký tên thuộc Giáo Hội Nhà Nước)
Tinh thần đấu tranh được ảnh hưởng lan rộng ra hải ngoại với những chiến dịch vận động bảo vệ đạo pháp, giải trừ pháp nạn với sự hưởng ứng của các tổ chức đoàn thể đấu tranh cùng Tăng Ni Phật tử các nước. Ngày 6.4.1993, Phật tử Phạm Gia Bình, pháp danh Viên Lạc, đã vị pháp thiêu thân tại tiểu bang Mass. Hoa Kỳ. Phật tử Viên Lạc đã để lại nhiều lá thư nhằm kêu gọi thế giới hỗ trợ công cuộc đấu tranh cho tự do tín ngưỡng của Phật giáo tại Việt Nam,
Ngày 12.4.1993, Thượng Toạ Thích Long Trí hướng dẫn 3 đoàn xe, vượt được đèo Hải Vân, tới Huế dự lễ. Khi bị công an chận, tất cả Tăng ni Phật tử đã xuống xe, tràn ra ngoài lòng đường, ngồi trong tư thế kiết già và tuyên bố "chúng tôi sẽ ngồi đây tuyệt thực cho tới chết, nếu không được phép về Huế dự lễ Tiểu Tường của Cố Hòa Thượng Thích Đôn Hậu". Trước sự quyết liệt của họ, và vì sự lưu thông tắt nghẽn, công an đành nhượng bộ để 3 đoàn xe này về Huế. Trong thời gian này, tất cả khách du lịch ngoại quốc đến tham quan Huế đều bị cấm thăm và đến sát gần chùa Linh Mụ trong chu vi 1 cây số.
Ngày 12.4.1993, một Ni cô 16 tuổi đã tự thiêu, tại phiá nam tỉnh Quảng Ngãi. Cùng thời gian này, một cụ ông 80 tuổi đã tự thiêu tại phiá Bắc tỉnh Quảng Ngãi. Ngày 30.4.1993, một Phật tử đã tự thiêu trước rạp hát Rex, Sài Gòn.
Ngày 21.5.1993, một cư sĩ Phật tử khoảng 50 tuổi đã tự thiêu, lúc 9 giờ sáng, trước ngôi Bảo Tháp Đức Cố Đại Lão Hòa Thượng Thích Đôn Hậu, trong khuôn viên chùa Linh Mụ. Công an đã ập đến, bao vây, khủng bố, cướp xác người này, cùng tất cả tâm thư, xắc tay, giấy tờ, và ảnh chụp được của du khách. Sau vụ tự thiêu này, Đài Phát Thanh CS ở Huế đã loan báo: "một thanh niên nghiện ngập, mắc bệnh Sida, đã quá thất vọng việc đời, nên chết bỏng vì tự thiêu". Chùa Linh Mụ đã thiết lập một bàn vong trước bảo tháp, với dòng ghi: "Một Phật tử đã vị Pháp thiêu thân 9 giờ sáng ngày 21.5.93", nhưng công an liền đến dẹp bàn vong này. Ngày 22.5.1993, Đại Đức Thích Trí Tựu gởi văn thư khiếu nại đến Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh, đòi trả lại xác người Phật tử để lo tang lễ, cùng xách tay, và giấy tờ tuỳ thân.
Ngày 24.5.1993, buổi sáng, Công an đến chùa Linh Mụ bắt Đại Đức Thích Trí Tựu. Liền đó trong ngày, khoảng 40.000 Phật tử và đồng bào Huế đã kéo xuống đường biểu tình chống nhà nước CSVN, giải vây cho Đại Đức Thích Trí Tựu. 20 vị sư đã ngồi tuyệt thực trên đường Lê Lợi, trước Uỷ Ban Nhân Dân. nhà nước CSVN đã dùng lựu đạn cay, gậy, roi điện, xe tăng, và vòi rồng để đàn áp cuộc biểu tình theo chỉ thị của Bộ Trưởng Bộ Nội Vụ CSVN Bùi Thiện Ngộ. Tuy nhiên Đại Đức Thích Trí Tựu cũng đã được tăng ni phật tử giải thoát đưa về chùa. Ngày 27.5.1993, Đại Đức Thích Trí Tựu lại ký gởi một Thỉnh Nguyện Thư gồm 5 yêu sách viết từ chùa Linh Mụ, đến thủ tướng CSVN và Uỷ Ban Nhân Dân Tỉnh Thừa Thiên-Huế, yêu cầu nhà cầm quyền hãy "chấm dứt các bắt bớ, cấm đoán, khủng bố, đàn áp", "trả tự do cho các vị lãnh đạo Phật Giáo Việt Nam đang còn bị tù đày, hay quản chế không hạn định, không tội cớ, cùng lúc trả tự do cho các nhà trí thức, những tù nhân lương tâm", và "trả lại toàn bộ các cơ sở của GHPGVNTN". Cùng ngày 27.5.1993, HT Thích Huyền Quang viết "đơn tố cáo nhà nước CSVN xâm phạm trầm trọng tự do tôn giáo và nhân quyền tại Việt Nam", gởi ông Tổng Thư Ký Liên Hiệp Quốc nhân Đại Hội Nhân Quyền ở Áo Quốc, xác nhận: "Từ 12 năm qua, tôi còn bị quản thúc tại Quảng Ngãi, không xét xử gì cả".
Ngày 5.6.1993, khoảng 6 giờ chiều, công an CS xông vào chùa Linh Mụ, với roi điện, vũ khí, dùi ba-ton, và xe tăng bao vây bên ngoài. Với lời lẽ tục tằn chưởi rủa, công an đọc lệnh bắt giam Đại Đức Thích Trí Tựu Giám tự Chùa Linh Mụ. Ngay khi đó Thầy bị vật sấp xuống đất, lột áo tu sĩ, bắt mặc áo quần tù, còng tay, đưa ra xe bít bùng chở về nhà lao Thừa Phủ (Huế), không xét xử. Hai Đại Đức Thích Hải Tạng, Giám tự Chùa Long An Quảng Trị, và Thích Hải Thịnh cũng bị bắt trong hoàn cảnh bạo động, mạ lỵ nhân phẩm như vậy. Cả 3 thầy đều là thành viên của Văn Phòng Viện Hoá Đạo, GHPGVNTN, bị lệnh "bắt tạm giam 4 tháng", với tội danh "gây rối trật tự công cộng" và "cố ý huỷ hoại tài sản xã hội chủ nghĩa". Vài ngày sau, thêm 300 Phật tử Huế bị bắt. Các chùa chiền đều bị lục soát, cô lập hoàn toàn. Mọi đường dây điện thoại bị cắt đứt, như Chùa Hội Phước (Quảng Ngãi), Chùa Linh Mụ (Huế), Chùa Viên Giác (Quảng Nam)... Quần chúng được kích động bằng chiến dịch tố khổ, mạ lỵ các Thầy. Ông Vũ Quang, Trưởng Ban Tôn Giáo Nhà Nước còn đùa cợt rằng: "nhà sư Thích Hải Tạng nhảy Lambada". Đại Đức Thích Trí Tựu quyết định tuyệt thực vô thời hạn trong lao Thừa Phủ (Huế)
Trong thời gian này, Tăng Đoàn Bảo Vệ Chánh Pháp Thừa Thiên-Huế lên tiếng "để nối tiếp cuộc đấu tranh bảo vệ Chánh Pháp đã nổi lên cao điểm vào ngày 24.5.1993 vừa qua". Tăng Đoàn ra Thông Báo Số 1, chống đối CSVN bắt bớ phi pháp ba Đại Đức Thích Trí Tựu (Giám tự chùa Linh Mụ), Thích Hải Tạng (thư ký Viện Hoá Đạo), và Thích Hải Thịnh. Tăng Đoàn nhận định: "đánh phá Giáo Hội PGVNTN, là đánh phá toàn dân. Việc làm này chưa có chế độ nào thành công trong lịch sử Việt Nam". Tại Chùa Viên Giác (Hội An), cuộc lễ cầu siêu cho Phật Tử Phạm Gia Bình tự thiêu (tại Hoa Kỳ, chống CSVN đàn áp Phật giáo) đã bị nhà nước cấm cử hành. Hai đội cảnh sát cơ động được sai tới đàn áp. Cùng lúc, Ban Tôn Giáo Chính Quyền đưa chỉ thị xuống Ban Trị Sự Trung Ương Giáo Hội Nhà Nước, ép buộc Tăng Ni phải khai lý lịch chính trị, trong bản Sơ Yếu Lý Lịch Tăng Ni gồm 10 trang. Phần 1 là "Quan Hệ Gia Đình", kê khai rõ tên tuổi nghề nghiệp, thái độ chính trị trước và sau ngày giải phóng, chổ ở của cha mẹ, anh em ruột, người đỡ đầu... Phần 4 là phần kê khai chi tiết "quá trình hoạt động cách mạng". Thượng Toạ Thích Tâm Trí, trụ trì chùa An Dưỡng Nha Trang đã đại diện chư Tăng Ni tỉnh Khánh Hoà viết kháng thư phản đối việc này.
Ngày 1.7.1993, Văn Phòng II Viện Hóa Đạo Lưu Vong tại Hoa kỳ đã khẩn báo chiến dịch bôi nhọ Giáo Hội PGVNTN một cách quy mô trong nước bằng các phương tiện truyền thông nhà nước và qua giáo hội nhà nước tại nhiều thành phố tại Việt Nam. Ngày 9.7.1993, chùa Sơn Linh ở Bà Rịa, Vũng Tàu, bị tấn công võ trang. Đại Đức Thích Hạnh Đức cùng 33 tăng chúng bị trục xuất ra khỏi chùa, lấy cớ là không có hộ khẩu. 2000 đồng bào làm vòng đai bảo vệ Chùa bị giải tán bằng xe tăng, lựu đạn cay, dùi cui, ma trắc. Trong vụ này có thêm 25 tăng sĩ (phần đông thuộc Giáo Hội Nhà Nước) bị bắt, cùng với trên 100 Phật tử. Các Tăng sĩ này đã tham gia hỗ trợ Thích Huyền Quang, bị Uỷ Ban Nhân Dân ra công văn số 457 chỉ thị trục xuất khỏi chùa.
Ngày 27-30.8.93, tại hải ngoại, 700 huynh trưởng và gia đình Phât Tử đã mở trại Họp Bạn mang danh hiệu "Trại Huyền Quang", kỷ niệm 50 năm thành lập tổ chức Gia Đình Phật Tử, đồng thời để khẳng định vị trí, lập trường và tâm nguyện "tất cả để bảo vệ Đạo Pháp Giáo Hội PGVNTN do Hòa Thượng Huyền Quang lãnh đạo". Hòa Thượng đã gửi một Huấn Từ chúc mừng Trại Họp Bạn và nhắc nhở quốc nạn và pháp nạn trong nước. Một Quyết Nghị sau nhiều ngày hội thảo xác định trung kiên với với Giáo Hội PGVNTN trước đại Pháp Nạn và Quốc Nạn hiện nay, nguyện xã thân cho sự sống còn của Đạo Pháp.
Chiến dịch "Nước Lũ 2", mà chỉ thị Mật của nhà nước CSVN ban ra trước đây để tiêu diệt Phật Giáo, đã được thi hành nhắm vào lãnh đạo GHPGVNTN. Trong một văn thư gởi toàn thể Giáo Hội trong ngoài nước ngày 2.8.93, nhân dịp lễ "Vu Lan Bồn" đã ghi nhận tình trạng thê lương của Giáo Hội qua chiến dịch này.
Ngày 19.9.1993, Hoà Thượng Thích Huyền Quang cho phổ biến THÔNG BẠCH ĐẶC BIệT trước những biện pháp ngăn chận cô lập GHPGVNTN một cách khắt khe trong nước. Tất cả cộng đồng, chư Tôn Giáo Phẩm, Tăng Ni Phật Tử đã căm phẩn và dồn nỗ lực vận động quốc tế lên tiếng nói ngăn chận hành động dã man của nhà cầm quyền CSVN đối với Tôn Giáo lớn tại Việt Nam. Ngày 22.9.93, toàn thể thành viên Tăng Già Thừa Thiên - Huế, với 52 tu sĩ đại diện đồng ký tên trong một bản kiến Nghị Thư gởi H.T Thích Trí Tịnh, chủ tịch Hội Đồng Trị Sự Trung Ương Giáo Hội Phật Giáo Nhà nước, phản đối quyết định 193 QĐ/HĐTS đề ngày 16.8.93 bãi miễn chức vụ UV Giáo Dục Tăng Ni của T.T Thích Thiện Hạnh vì lý do đã nhận đại diện cho Tăng Đoàn Thừa Thiên - Huế
Ngày 1- 15.11.93, Toà Án Nhân Dân CSVN, Huế, bắt đầu xét bàn vụ xử các Đại Đức Phật Giáo bị bắt trong vụ biểu tình tháng 5.93 tại Huế, và tuyên án vào ngày xử chính thức 15.11.93 ở Huế, với Đại Đức Thích Trí Tựu và Thích Hải Tạng 4 năm tù, các Đại Đức Thích Hải Thịnh, Thích Hải Chánh mỗi người 3 năm tù, cùng một số 6 người Phật tử khác, từ 6 tháng đến 3 năm tù. Việc xét xử này đã gặp sự lên tiếng phản đối của cộng đồng cùng các tổ chức nhân quyền và chính giới ngoại quốc. Ngày 20.11.93, cùng những phản ứng đồng loạt khắp nơi lên tiếng phản đối vụ xử các tu sĩ Phật giáo tại Huế, Hòa Thượng Viện Trưởng Viện Hóa Đạo thuộc GHPGVNTN đã ra một tuyên cáo sắc bén và dứt khoát tố giác đảng CSVN là nguyên do nghèo đói và là cản lực trên con đường tiến thủ của dân tộc VN. Đòi phải viết lại bản Hiến Pháp Việt Nam, xóa bỏ tính chất độc tài đảng trị như điều 4 Hiến Pháp CSVN đã quy định, chấm dứt đàn áp và khủng bố tôn giáo cũng như các đoàn thể chính trị đối lập nếu đảng CSVN muốn tồn tại . Tuyên cáo được người Việt trong và ngoài nước đón nhận và ngưỡng mộ, trước sự dấn thân can đảm vì quốc nạn và pháp nạn của vị lãnh đạo một tôn giáo lớn của Việt Nam, bất kể nguy nan cho thân mình.
Các ngày 10,11 và 12.12.93, Đại Hội GHPGVNTN Âu Châu lần thứ nhất, đã diễn ra tại chùa Viên Giác, Hannover, Đức Quốc. Đại hội đã phổ biến một tuyên cáo lên án nhà cầm quyền CSVN đàn áp tôn giáo và là nguyên do băng hoại đất nước, Đồng thời khẳng định "Pháp nạn là quốc nạn, Không thể có tự do tôn giáo trong một nước không có tự do dân chủ. Pháp nạn không riêng gì cho Phật Giáo mà tất cả tôn giáo đều là nạn nhân. Quốc nạn là nạn chung của toàn dân chứ không riêng một giới nào".
Ngày 15.1.1994, T.T Thích Tuệ Sĩ từ trại tù Xuân Phước đã gởi thư đến Hòa Thượng Huyền Quang tán thành việc Giáo Hội PGVNTN định triệu tập Đại Hội kỳ VIII của Phật giáo. Ngày 21.1.94, Đoàn Tăng Ni và Phật Tử Bảo Vệ Chánh Pháp tại Việt Nam sau Hội nghị Đặc biệt ngày 21.1.94 tại Đà Lạt, đã ra Thông cáo phản kháng Ủy ban Nhân dân tỉnh Thừa Thiên - Huế về hành động thô bạo nhúng tay vào nội bộ tôn giáo qua Thông Báo số 1108 TB/UBND, ra lệnh buộc Thượng Tọa Thích Thiện Hạnh phải giải tán Tăng Đoàn Bảo Vệ Chánh Pháp Thừa Thiên Huế. Ngày 24.1.94, các thành viên Ủy Ban Liên Kết Đòi Tự Do Tôn Giáo và Nhân Quyền cho Việt Nam đã treo cờ PG quốc tế và biểu ngữ đồng loạt tại nhiều địa điểm ở Việt Nam: Nghĩa trang quận Long Hồ, cách thị xã Vĩnh Long 5Km, dọc Quốc lộ 4; Bãi rác Cần Thơ, cách thị xã Cần Thơ 3Km dọc Quốc lộ 4; một địa điểm khác thuộc tỉnh Long An. Các biểu ngữ đọc được tại Cần Thơ và Vĩnh Long có nội dung 1/ Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất Muôn Năm. 2/ Tăng Ni Phật Tử đứng lên để hưởng ứng 9 điểm của Hòa Thượng Huyền Quang. 3/ Ủy Ban Liên Kết Đòi Tự Do Tôn Giáo và Nhân Quyền cho Việt Nam Kêu Gọi Đồng Bào và Phật Tử Đứng Lên đòi Chính Quyền VN Tự Do Tôn Giáo Và Nhân Quyền Cho Việt Nam.
Ngày 14.5.1994, Tăng Đoàn BVCP Thừa Thiên - Huế báo động sức khoẻ nguy kịch của bốn Đại Đức Trí Tựu, Hải Tạng, Hải Thịnh, Hải Chánh, sau 7 tuần tuyệt thực trong tù ở trại Ba Sao, Nam Hà, đòi 3 yêu sách liên quan đến vụ xử ngày 15.11.93 tại Huế. Cuộc tuyệt thực khởi đầu ngày 1.4.94, và sau đó toàn thể tù nhân chính trị tại Phân trại A, Ba Sao, đã cùng tuyệt thực để hỗ trợ. Có 49 đơn của Tăng Ni Phật tử gửi đến H.T Huyền Quang xin phát nguyện tự thiêu để cúng dường và bảo vệ Chánh Pháp. Hòa thượng Huyền Quang viết văn thư khuyên các Tăng Ni Phật tử ngưng các việc đau lòng này và bảo trọng thân mạng. (văn thư 66/VPLV-VHĐ ngày 10.5.94. Reuter May 23.94).
Ngày 25.5.1994, Sau khi cử hành Lễ Phật Đản, Đại Đức Thích Huệ Thâu đã cầm cờ Phật giáo dẫn đầu một phái đoàn gồm 47 Tăng Ni và Phật Tử kéo đến Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh Vĩnh Long phản đối nhà cầm quyền không giải quyết và trả lời những yêu sách gởi lên trước đó. Các yêu sách gồm 1/ Yêu cầu nhà nước tôn trọng tự do tín ngưỡng tôn giáo, được sửa chữa chùa viện, được tự do đến chùa lễ Phật, tu học giáo lý không pha lẫn chính sách chỉ thị Đảng; 2/ Yêu cầu nhà nước để cho Giáo hội PGVNTN được quyền phục hồi sinh hoạt như trong quá khứ; 3/ Yêu cầu nhà nước giảm sưu cao thuế nặng mà nông dân và đồng bào đồng bằng sông Cửu Long đang bị khốn khổ chịu đựng. Cuộc biểu tình bị công an đàn áp giải tán và bắt một số người. Ngày 28.5.94, Ba ngày sau khi bị nhà cầm quyền đàn áp, Đại Đức Thích Huệ Thâu đã tự thiêu như đã tuyên bố trước đó. Các thỉnh nguyện thư và tài liệu giao cho đệ tử bị nhà cầm quyền tịch thu, bưng bít. Gần hai tháng sau, "Tăng Đoàn Bảo Vệ Chánh Pháp" tỉnh Vĩnh Long mới tìm cách liên lạc phổ biến nội vụ. Được biết Đ.Đ. Thích Huệ Thâu, trú trì tại Tịnh Xá Ngọc Phật, ở Ba Càng, huyện Tam Bình, Vĩnh Long.
Ngày 26.6.1994, Tại hải ngoại, đại diện hai khối phật giáo Việt Nam Quốc Tự và Ấn Quang cũ thuộc GHPGVNTN đã công bố một bản tuyên bố chung, xem những sự việc xảy ra trong quá khứ là nghiệp vận của cá nhân mà tổ chức chung chịu, nay đều hỷ xả tất cả và kêu gọi Chư Tôn Đức Tăng Ni cùng đồng bào Phật Tử trong ngoài nước đồng tâm nhất trí trong tinh thần xây dựng Quốc gia và Đạo pháp hầu tránh bị lợi dụng. Tuyên Cáo Chung do H.T Thích Tâm Châu và H.T Thích Hộ Giác cùng ký tại chùa Bát Nhã, Gia Nã Đại, ngày 26.6.94.
Cũng trong tháng 8-1994, H.T Thích Quảng Độ trong lá Thư đề ngày 9-8 gửi TBT đảng CSVN Đỗ Mười, nhân việc nhà nước CSVN dành một ngày quốc tang cho cái chết Kim Nhật Thành đặt vấn đề hàng trăm nghìn người Việt Nam đã bị giết hại trong cuộc đấu tranh giai cấp, cải cách tố khổ năm 1956 tại miền Bắc, mặc dầu sau đó đảng cộng sản đã sửa sai, xin lỗi (tức đã giết lầm), nhưng đảng đã làm "Quốc tang" cho họ chưa? Cũng như còn không biết bao nhiêu người Việt Nam tị nạn đã chết đuối ngoài biển khơi từ ngày 30-4-1975. Ai để tang họ? Theo H.T Thích Quảng Độ, nếu toàn dân Việt Nam phải để tang, thì để tang những người ấy, chứ không để tang ông Kim Nhật Thành của Bắc Triều Tiên! Gửi kèm còn có là bản NHậN ĐịNH VỀ NHữNG SAI LẦM TAI HạI CỦA ĐẢNG CộNG SẢN VIệT NAM ĐỐI VỚI DÂN TộC Và PHậT GIÁO VIệT NAM của Tổng Thư Ký VHĐ, H.T. Thích Quảng Độ, biên soạn từ tháng 1-1992, đánh năm thứ 10 bị quản thúc lưu đày ở quê quán xã Vũ Đoài, Thái Bình, H.T Thích Quảng Độ đã gửi
Ngày 27-28.9.1994, Giáo Hội PGVNTN Âu Châu đã tổ chức cuộc tuyệt thực cầu nguyện tập thể 26 người trước trụ sở Quốc Hội Âu Châu ở Strasbourg, nhân ngày họp đầu tiên của tân Quốc Hội Âu Châu để kêu gọi các nước Âu Châu áp lực nhà cầm quyền CSVN phục hồi sinh hoạt của GHPGVNTN trong nước và thả tất cả Tăng ni Phật tử cùng các tù nhân đang bị giam giữ vì bất đồng chính kiến. Có 26 người ghi tên tham gia cuộc tuyệt thực này.
Ngày 10.10.1994, H.T Quảng Độ sau khi công khai dựng lên bảng "Văn Phòng Tổng Thư Ký Viện Hóa Đạo Lưu Vong" tại chùa Thanh Minh Thiền Viện ở đường Trần Huy Liệu, Phú Nhuận, Sài Gòn, đã ra bản Thông cáo ngày 10.10.94 kêu gọi các cấp Giáo Hội trên toàn quốc "dựng lại bảng tên Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất tại các cơ sở, chùa chiền thuộc Giáo Hội".
Ngày 24.10.1994, Giáo Hội PGVNTN đã phát động chiến dịch cứu trợ đồng bào bị lũ lụt ở đồng bằng sông Cửu Long, thuộc miền Miền Tây, do một phái đoàn Tăng Ni Phật tử tiến hành. Liền đó, nhà cầm quyền CSVN lại ra tay càn quét triệt hạ hoạt động của GHPGVNTN dù là hoạt động nhân đạo. Ngày 29.10.94, T.T Thích Long Trí, Chánh Văn Phòng Lưu Vong VHĐ, trưởng đoàn Cứu Trợ nạn lụt đồng bằng sông Cửu Long bị bắt giam tại SàiGòn khi trên đường vào Nam thanh sát nghiên cứu kế hoạch cứu trợ. Ngày 30.10.94, H.T Thích Huyền Quang gửi thư đến Thủ Tướng CSVN Võ Văn Kiệt phản đối việc bắt bớ T.T Long Trí. Cùng ngày, từ Văn phòng lưu vong TTK Viện Hóa Đạo, đặt tại Thanh Minh Thiền Viện tại SàiGòn, H.T Thích Quảng Độ đã ra một Thông Cáo về việc bắt giữ này để chất vấn nhà cầm quyền Hà Nội. Những cuộc bố ráp đàn áp đã diễn ra liên tục trong nhiều ngày kế tiếp sau đó. Ngày 5.11.94, Công an TP đến vây chùa Pháp Vân ở quận Tân Bình, Sài Gòn, từ sáng sớm trước khi đoàn xe cứu trợ tập họp khởi hành, và bắt đi Đại Đức Thích Trí Lực. Công an và cảnh sát cơ động cũng đã bao vây bố ráp các nẽo đường đổ về đường Kỳ Hòa, gần Ngã Bảy, Q.10, ngăn chận hành hung các đoàn xe tụ họp lên đường. Cuộc xô xát đã xảy ra khi công an cưỡng bức lột những bảng hiệu cứu trợ miền Tây của GHPGVNTN và vứt cờ Phật giáo trên xe. Một số Tăng Ni và Phật tử đã bị bắt. Vào lúc 1 giờ khuya cùng ngày công an cũng đã đến nhà bắt Phật tử Phạm Văn Xua, và lúc 9 giờ sáng lại đến nhà bắt Phật tử Đồng Ngọc Nguyễn Thị Em. Những ngày trước đó, nhiều vị phụ trách đoàn cứu trợ đã bị triệu đến sở Công An TP "làm việc" và bị hăm dọa và ngăn cấm tham gia cuộc cứu trợ của GHPGVNTN. Ngày 6.11.94, Công an tiếp tục vây bắt trên đường phố Sàigòn. T.T Thích Không Tánh và T.T Thích Nhật Ban cũng đã bị bắt. Ngày 10.11.94, Sau nhiều ngày cô lập theo dõi, Nhà cầm quyền thuộc P1, Q.8, TP. HCM đã cho người ngang nhiên xông vào chùa Từ Hiếu, áp đảo các Phật tử trong chùa, cướp lấy tất cả các phẩm vật cứu trợ.
Bất ổn xảy ra nhiều nơi. Ngày 26.11.94, ngay trong khuôn viên chùa Từ Đàm, Huế, T.T Thích Thiện Hạnh, Ủy Viên Giáo Dục Tăng Ni thuộc Ban Trị Sự Phật Giáo tỉnh Thừa Thiên, căng biểu ngữ tuyên bố tuyệt thực để đòi H.T. Thích Thiện Siêu giải quyết tất cả các yêu sách mà Tăng Đoàn Thừa Thiên - Huế vừa đệ trình một giờ trước đó. Các điểm yêu sách gồm 1/ "Thỉnh cầu H.T có biện pháp cụ thể giải quyết những vấn đề bất ổn của Phật giáo Huế. 2/ Thỉnh cầu H.T nhân danh Phó C.T Thường Trực HĐTSTƯ thu hồi 2 văn bản do H.T Thích Trí Tịnh (193-QĐ/HĐTS ngày 16.8.93) và H.T Thích Thiện Hào ký (283-CV/HĐTS ngày 23.11.93). Vì 2 bản văn có nội dung xúc phạm đến Tăng thể Thừa Thiên - Huế và đánh mất chủ quyền vào tay người khác. 3/ Thỉnh cầu H.T nhân danh Dân biểu QH, có tiếng nói trung thực với Ban Tôn Giáo chính quyền không nên can thiệp vào nội bộ Tôn giáo. Ngày 27.11.94, tại buổi lễ khai giảng Trường Cơ Bản Phật Học Thừa Thiên - Huế tại chùa Báo Quốc lại xảy ra xô xát khi công an ngăn cản không cho các Tăng Ni sinh Huế dâng Thỉnh Nguyện thư lên H.T Thích Thiện Siêu trên bàn chủ tọa. Các Tăng sinh phản đối và bị công an đánh đập bạo hành. Được biết thỉnh nguyện thư viết bởi 105 Tăng, Ni sinh gợi H.T Thiện Siêu phản đối "các quy định nghiệt ngã của chính quyền đối với Tăng Ni sinh, làm mất đi tính tự chủ", đồng thời yêu cầu H.T dàn xếp đem lại hòa hợp cho Tăng trước lúc khai giảng, vì Tăng Ni sinh không an tâm ngồi nhìn Thầy Thích Thiện Hạnh ngồi tại tiền đường chùa Từ Đàm chờ sự giải quyết của H.T. Ngày 7.12.94, Công an bắt H.T Thích Như Đạt và 12 Tăng sinh về sở công an "làm việc". H.T Thích Như Đạt là Ủy Viên Trung Ương/ Giáo Hội Phật Giáo VN của nhà nước, người đã viết bản nhận định 8 trang gửi Thủ Tướng CSVN Võ Văn Kiệt và Ban Tôn Giáo phản đối việc chính trị hóa Trường Cơ Bản Phật Học Thừa Thiên - Huế khai giảng hôm 27.11. Tất cả 12 Tăng sinh bị bắt thuộc 105 Tăng, Ni sinh ký tên trong bản Thỉnh Nguyện Thư phản đối. Ngày 25.12.94, Công an Huế cùng lúc tràn vào khám xét 2 chùa Phước Duyên và Linh Quang, bắt đi hai Tăng sĩ Thích Thái Hưng và Thích Hạnh Đức. Công an cũng đã mở những cuộc truy lùng Tăng, Ni sinh ký vào bản Thỉnh Nguyện trong ngày khai giảng Trường Phật Học tại Huế, khám xét, điều tra hộ khẩu tất cả các chùa không theo Giáo Hội nhà nước.
Ngày 27.12.1994, H.T Huyền Quang bắt đầu cuộc tuyệt thực tại chùa Hội Phước ở Quảng Ngãi để phản đối nhà cầm quyền CSVN khủng bố và đàn áp Phật giáo trong công tác cứu trợ nạn lụt tại miền Tây. Hai ngày sau, công an vào chùa bắt vị lãnh đạo GHPGVNTN đi khỏi chùa Hội Phước, giam tại chùa Quang Phước thuộc một vùng núi hẻo lánh, xã Nghĩa Hành, cách thị xã 10 cây số. Công an đã tịch thu tất cả khuôn dấu, giấy tín chỉ và tài liệu của Văn Phòng VHĐ Lưu Vong. Kế đó, ngày 31.12.94, Công an lại tràn vào chùa Thanh Minh Thiền Viện ở đường Trần Huy Liệu, Sài Gòn, nơi trụ trì của H.T Thích Quảng Độ, TTK Viện Hóa Đạo để lục soát. Đến chiều ngày 4.1.95, Công an trở lại chùa Thanh Minh Thiền Viện bắt H.T Thích Quảng Độ đưa đi. tạm giam tại một ngôi chùa nhỏ ở Vụ Bản, tỉnh Nam Định miền Bắc Việt Nam và sau đó chuyển về giam giữ tại trại tù B14 Hà Nội. Trước sự cáo giác của thế giới, ngày 15.8.95 Hà Nội cho dựng phiên tòa xét xử những nhân vật lãnh đạo Phật giáo và phật tử phản kháng chế độ gồm 6 người, trong đó có Hòa thượng Thích Quảng Độ. Mặc dầu không nhận tội do đảng áp đặt, nhưng Hòa thượng cũng đã bị kết án 5 năm tù, bất chấp sự lên án mạnh mẽ của thế giới.
Ngày 30-8-1998, Trước áp lực thế giới, CSVN đã trả tự do cho H.T Thích Quảng Độ. Khi đáp máy bay về Sài Gòn, hàng trăm tăng ni phật tử đã có mặt nghênh đón bất chấp lệnh cấm của nhà cầm quyền CSVN.
Ngày 19-3-1999 Bất chấp lệnh quản thúc, Hòa thượng Thích Quảng Độ tự ý đáp xe lửa đi Quảng Ngãi để viếng thăm Hòa thượng Thích Huyền Quang sau 18 năm xa cách. Sau 2 ngày ở chùa Phước Quang, đến ngày 23-3, Ngài đã bị công an Quảng Ngãi bắt thẩm vấn và giữ 6 tiếng đồng hồ trước khi bị hộ tống quay ngược về Sài Gòn. Thượng Toạ Thích Hải Tạng từ Quảng Trị vào cũng bị bắt trục xuất. Theo lời H.T Thích Quảng Độ cho biết thì: "Thực tế là chúng tôi chỉ bàn củng cố nhân sự của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất, đã có từ năm 1964, cũng như hoạch định cho Đại Hội VIII GHPGVNTN chứ có lập giáo hội gì mới đâu? Họ cho rằng việc đó là bất hợp pháp." Vì theo lời các viên chức nhà nước CSVN mà chính công an trong lúc thẩm vấn cũng xác định với Hoà thượng rằng: "Cái giáo hội của các ông không còn tồn tại nữa... Nhà nước chỉ thừa nhận Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam. Bất cứ cá nhân, đoàn thể, tổ chức mang danh nghĩa Phật giáo mà hoạt động ngoài cái Giáo Hội Phật Giáo VN đều là bất hợp pháp. Bởi vậy cái việc hôm qua hai ông đã làm là trái với luật pháp qui định."
Từ ngày 14 đến 16-5-1999, vì hoàn cảnh bị đàn áp liên tục Đại Hội VIII GHPGVNTN đã phải diễn ra tại hải ngoại, do Văn Phòng II VHĐ lưu vong tổ chức ở Hoa Kỳ. Đại Hội đã thông qua một bản Quyết Nghị của Đại hội VIII, và đã được Viện Tăng Thống phê chuẩn. Quyết Nghị này đúc kết mục đích, ngưỡng vọng và mục tiêu của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, và tái xác định sự liên hệ mật thiết với nhân quyền, khoan dung và tự do của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, mà Giáo hội không ngừng công khai ủng hộ từ nhiều thập kỷ qua. Một trong những điểm chính của bản Quyết Nghị này là yêu sách phục hồi quyền sinh hoạt của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất. Mặc dù Chính phủ Việt Nam chưa có văn bản pháp quy nào ra lệnh cấm Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất hoạt động, hưng trong thực tế Giáo hội chúng tôi đã bị ngăn cấm hoạt động từ năm 1982.
Đại Hội công bố thành phần lãnh đạo vừa được bổ sung vào Hội đồng lưỡng viện (tức Viện Tăng Thống và Viện Hóa Đạo), theo kết quả quyết định cuộc họp bất thường ở trong nước. Mọi người rất phấn khởi và cùng suy tôn các Chư Tôn Đức Giáo Phẩm vừa được bổ nhiệm như H.T. Thích Huyền Quang, XLTV Viện Tăng Thống; H.T. Thích Đức Nhuận, Cố vấn chỉ đạo VHĐ; H.T. Thích Quảng Độ, Viện trưởng VHĐ; TT Thích Tuệ Sỹ, Phó Viện trưởng kiêm Tổng Thư Ký VHĐ.
Năm 2000, trước nạn lụt lớn ở miền Trung vào tháng 11/1999, GHPGVNTN lại phát động đứng ra kêu gọi quyên góp cứu trợ đồng bào nạn nhân thiên tai. Vì không thể công khai trực tiếp Giáo Hội đã phải "hóa thân" vào bất cứ nơi nào có thể, không danh tướng, không hình thức để thu. Vậy, một lần nữa, Giáo 75c hiện việc cứu trợ mà nhà cầm quyền không thể cấm đoán hay bắt bớ.
Ngày 21-4-2000, nhân kỷ nhà nước CSVN kỷ niệm 25 "chiến thắng", H.T Thích Huyền Quang gửi lá thư đến các lãnh đạo Đảng và Nhà nước CSVN đòi thực thi "Linh quyền cho người chết và Nhân quyền cho người sống, lấy ngày 30.4. làm "Ngày Sám hối và Chúc Sinh toàn quốc", sám hối với người chết và Chúc Sinh người sống. Vì lá thư này, ngày 5-7-2000, H.T. T5 hích Huyền Quang đã bị công an Quảng Ngãi đến chất vấn và khủng bố tinh thần một cách rất hung hăng và giận giữ.
Từ tháng 5-2000, Tăng đoàn Thừa Thiên Huế đã gởi bản Nhận Định Và Kiến Nghị Thư đến nhà cầm quyền địa phương Thừa Thiên Huế trình bày một số vấn đề có liên quan đến Phật Giáo như vụ bờ kè chùa Long Quang; vụ không cho giấy phép xây dựng nhà kinh sách Chùa Từ Hiếu, chùa Từ Vân; việc chiếm đoạt Trung tâm Văn hoá Liễu Quán, vụ ngăn cấm trùng tu chùa Phước Thành, vụ không hoàn trả chùa Phước Hải, chùa Quan Âm, chùa Châu Hoàn Liên Xã... Yêu cầu nhà cầm quyền Thừa Thiên Huế chấm dứt mọi sự khủng bố và không được phân biệt đối xử Tăng Ni và Phật tử bên này hoặc bên kia.
Ngày 4 đến 12-2-2001, bất chấp sự đe doạ cấm đoán của nhà cầm quyền CSVN địa phương, chùa Từ Hiếu đã tổ chức tuần lễ Cầu nguyện Thiên niên kỷ: Trai đàn - Thiền hành tụng niệm sám hối, với sự tham dự của hàng ngàn tăng ni Phật tử.
Ngày 21-2-2001, H.T Viện trưởng VHĐ Thích Quảng Độ đã đưa ra LờI KÊU GọI CHO DÂN CHỦ VIệT NAM CỦA GIÁO HộI PHậT GIÁO VIệT NAM THỐNG NHẤT, nhân chuẩn bị kỷ niệm Quốc tổ Hùng vương lần thứ 4880 và năm Thế giới đón chào thiên niên kỷ thứ III, trong đó nêu ra sách lược 8 điểm cụ thể để cứu nguy đất nước.
Ngày 21-3-2001, sau Tuần Lễ Cầu Nguyện Thiên Niên Kỷ của Tăng Đoàn Thừa Thiên Huế, Hòa Thượng Thích Thiện Hạnh đã lên đường vào Tu Viện Quảng Hương Già Lam tại Sài Gòn để dự lễ kỷ niệm 17 năm ngày thị tịch của Cố Hòa Thượng Thích Trí Thủ - Viện Trưởng Viện Hóa Đạo Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất. Ngày 25 tháng 03 năm 2001, Hòa Thượng Thích Thiện Hạnh cùng với Hòa Thượng Thích Đức Nhuận - Cố Vấn Chỉ Đạo VHĐ/GHPGVNTN, Hòa Thượng Thích Quảng Độ Viện Trưởng VHĐ/GHPGVNTN, Thượng Tọa Thích Tuệ Sĩ - Phó Viện Trưởng VHĐ kiêm Tổng Thư Ký GHPGVNTN và chư Tôn Đức trong Hội Đồng Viện Hóa Đạo đã đến tại tu viện Quảng Hương Già Lam, với sự đón tiếp long trọng của Hòa Thượng Thích Đức Chơn - Giám Viện Tu Viện Quảng Hương Già Lam và Tăng Đoàn tại trú xứ này, để chính thức làm lễ tưởng niệm 17 năm ngày Cố Hoà Thượng Thích Trí Thủ viên tịch. Sau đó, Hòa Thượng Thích Thiện Hạnh rời Sài Gòn về ghé Quảng Ngãi, hầu thăm Hoà Thượng Thích Huyền Quang - Xử Lý Viện Tăng Thống GHPGVNTN đang bị giam quản chế ở chùa chùa Quang Phước - huyện Nghĩa Hành.
Tháng 6-2001, từ khi đưa ra lời kêu gọi cho dân chủ nay H.T Thích Quảng Độ lại quyết tâm đi Quảng Ngãi rước Hòa Thượng Thích Huyền Quang khiến nhà cầm quyền CSVN lại phải áp dụng QĐ 31/CP ra lệnh quản thúc H.T Thích Quảng Độ 2 năm, đồng thời CSVN cho cơ quan truyền thông, báo chí đảng mở chiến dịch vu khống Hòa thượng một cách dối láo, vô văn hóa.
Ngày 2-9-2001. Ông Hà Tấn Anh, có pháp danh Hạnh Minh, một huynh trưởng GĐPTVN, đã tự thiêu trước công viên "Tượng đài mẹ dũng sĩ Thanh Khê thuộc thành phố Đà Nẵng". Ông là Phó Thư Ký GHPGVNTN Quảng Nam Đà Nẵng và đại diện Ban Hướng Dẫn GĐPT Quảng Nam tại huyện Duy Xuyên. Ông đã để lại nhiều thư tố cáo nhà cầm quyền CSVN đàn áp tôn giáo. Một trong 4 bức thư để lại nhờ chuyển gửi cho TTK liên Hiệp Quốc, ông Hồ Tấn Anh mô tả chi tiết chính sách tiêu diệt Phập Giáo có hệ thống của CSVN, từ những ngày đầu nhuộm đỏ miền Nam Việt Nam hồi 1975, đồng thời ông đòi hỏi CSVN phải tôn trọng nhân quyền, dân chủ ,tự do của dân chúng đúng theo tinh thần hiến pháp quy định.
Ngày 30-10-2001, tại Quảng Nam Đà Nẵng, thêm một cựu Huynh Trưởng Gia Đình Phật Tử Việt Nam và là một cư sĩ tu tại gia tên Hứa Văn Xuân đã tự thiêu trước Chùa Lan Hương, thuộc thị trấn Nam Phước, xã Duy Phước Quận Duy Xuyên, tỉnh Quảng Nam, để phản đối chính sách đàn áp tôn giáo khắc nghiệt của nhà cầm quyền CSVN.
Ngày 21-1-2002, H.T Thích Đức Nhuận viên tịch, lợi dụng lúc này công an cho niêm phong phòng riêng của H.T Đức Nhuận, và không cho mang nhục thân ngài về đặt trong phòng riêng như yêu cầu của chư tăng. Sự ra đi của H.T Thích Đức Nhuận khiến GHPGVNTN mất đi một vị cao tăng trong hàng lãnh đạo Tăng Ni Phật tử Việt nam vượt qua những thử thách gian nan nhất trong những ngày đen tối của lịch sử dân tộc và đạo pháp.
Tháng 2-2002, nhà cầm quyền CSVN địa phương tại Huế xúc tiến kế hoạch đập phá lấn chiếm Trung Tâm Phật Giáo Liễu Quán nhằm xây cất khu ăn chơi cho Festival 2002. H.T Thích Thiện Hạnh, Tăng Đoàn Thừa Thiên cáo giác, và đã ra kháng thư phản đối, buộc chính quyền địa phương phải nhượng bộ cho đình hoãn công trình.
Ngày 26-4-2002, nhân tưởng niệm 30 năm vụ thảm sát đòan người di tản từ Qủang Trị vào Huế trên Quốc lộ số 1 vào mùa Hè Đỏ Lửa 1972 , Tăng Đòan Thừa Thiên Huế phối hợp với Ban Đại Diện giáo Hội Phật GiáoViệt Nam Thống Nhất ở Quảng Trị đã trọng thể tổ chức tuần lễ Cầu Siêu cho những nạn nhân xấu số đã bị CS tàn sát trên đoạn đường từ Bến Đá đến Mỹ Chánh (tức đoạn đường Đại Lộ Kinh Hòang) . Có khoảng 2000 phật tử và đồng bào của hai Tĩnh Thừa Thiên và Quãng Trị đã tề tựu về Chùa Long Quang thuộc Tỉnh Quãng Trị do Thầy Thượng Tọa Thích Hải Tạng trụ trì , để dự lễ cầu siêu kéo dài cả tuần lễ này. Đây là lần đầu tiên vong linh đồng bào Quảng Trị chết oan ức chính thức được tụng niệm cầu siêu thoát. Cùng thời gian, tin ghi nhận từ Huế có một Phật Tử đã tự thiêu tại cầu Nguyễn Hòang, mà người dân Huế quen gọi là Cầu Mới, cầu nầy bắt ngang sông Hương và nằm giữa cầu Trường Tiền và Bạch Hổ . Phật tử nầy là một thanh niên đã tự thiêu ở đoạn giữa Cữa Ngăng và Cầu Mới , trong khu vực mà Nhà cầm quyền Thừa Thiên Huế đang tổ chức Khai mạc Huế Festival 2002, Công An CSVN đã vội vã phong tỏa và đem xác nạn nhân đi ngay sau đó.
Ngày 4-1-2003, Văn phòng II Viện Hóa Đạo GHPGVNTN đã tổ chức Đại hội Văn hóa Phật giáo Việt Nam tại San Diego, bang California, Hoa Kỳ. Trong một nghị quyết được thông qua trong Đại hội, với nhận thức qua quá khứ lịch sử 2000 năm qua, từ cuộc xâm lăng đến từ phương Bắc rồi phương Tây, nền Văn hóa Phật giáo do tính chất trí tuệ và sự đóng góp hòa hài, hỗ tương với nền văn hóa dân tộc, nên luôn luôn bị các thế lực ngoại lai dìm đè, hãm hại, tiêu diệt, qua nỗ lực đồng hóa và nô dịch hóa nếp sống con người Việt vào với nền văn hóa ngoại xâm của chúng ; rồi ngày nay, mối hiểm nguy của nền văn hóa ngoại lai Mác - Lê đang hoành phá truyền thống văn minh Việt Nam, thui chột tinh thần của tuổi trẻ Việt Nam; nền văn hóa ngoại lai Mác - Lê này chủ trương đấu tranh giai cấp, gây kỳ thị, chia rẽ con người và xã hội, dựng lên hai đẳng cấp thống trị và bị trị, bạn và thù xung đột cố tín trong đời sống quốc gia ; và bằng một chủ trương nô dịch đã thành quốc sách của Đảng và Nhà nước CSVN như thế, chế độ Xã hội chủ nghĩa Việt Nam đã đi ngược lại nếp sống khoan hòa, tình nghĩa, nhường cơm sẻ áo và âu lo cho hạnh phúc toàn dân theo truyền thống dân tộc có tự nghìn đời. Do đó Đại hội đưa ra một nghị quyết 8 điểm nhằm quyết tâm bảo tồn trong ý thức dung hóa, phát huy trong nỗ lực tiến bộ và sáng tạo nền Văn hóa Việt Nam và Phật giáo trong sinh hoạt cộng đồng người Việt ở hải ngoại đồng thời với cuộc giao lưu văn hóa toàn cầu. Trong dịp này, TT Thích Tuệ Sỹ cũng đã gửi phổ biến bài thám luận với đề tài "Văn minh tiểu phẩm" nêu thẳng vấn đề được Thượng toạ cô động qua hình ảnh nguy hiểm cho nền văn hoá PG: "Phật giáo tại miền Bắc chỉ tồn tại trên một hình thức như một tổ chức chính trị. Nói một cách tượng hình, nó chỉ hiện diện như một cái cúc áo cài trên bộ đại cán mỗi khi các lãnh đạo xuất hiện trước cộng đồng thế giới mà không bị "hở lưng".... Và "Những gì mà Phật giáo tại miền Nam đã làm được trong suốt thời kỳ chiến tranh và chia cắt, nay chỉ còn là những hoài niệm trong trí nhớ với nhiều tiếc nuối của thế hệ lớn tuổi. Tầng lớp trẻ hầu như không biết gì nhiều về quá khứ đó. Chỉ mới trong khoảng chưa đầy 30 năm thôi, mà một quá khứ đáng tự hào của Phật giáo Việt Nam trong lòng dân tộc đang bị quên lãng, và đang có nguy cơ biến mất. Với ý nghĩa biến mất, chúng ta muốn nói đến sự biến chất. Bởi vì, dưới phương châm "Đạo pháp, Dân tộc và Chủ nghĩa Xã hội", Phật giáo Việt Nam sẽ không tồn tại và trưởng thành như đã từng trong quá khứ".
Ngày 4-3-2003, sau cả tháng gây khó dễ và không cho đưa H.T Thích Huyền Quang vào Sài Gòn giải phẩu khối u trên mặt theo khuyến cáo của bệnh viện Quảng Ngãi, nhà cầm quyền CSVN cuối cùng quyết định chuyển H.T Huyền Quang ra Hà Nội để điều trị. H.T Huyền Quang liên lạc điều động TT. Thích Tuệ Sỹ, TTK Viện Hoá Đạo cùng ra Hà Nội trong chuyến đi chữa trị này.
Ngày 6-3-2003, sau khi giải phẩu khối u và đưa về phòng điều trị, ông Phạm Thế Duyệt, chủ tịch MTTQ/CSVN đến thăm H.T Huyền Quang và ngỏ ý mời H.T. đến thăm Mặt Trận. H.T nhận lời với điều kiện "chính phủ phải trả lời cho rằng GHPGVNTN có tội gì với đất nước mà bị cấm hoạt động?". Ngày 7-3-2003, phái đoàn đại diện Hội Đồng Trung ương GHPGVN do H.T Thành Tứ hướng dẫn cùng các Thượng toạ ở chùa Quán Sứ đến thăm H.T Huyền Quan tại bệnh viện.
Ngày 12-3-2003, Đại diện phái đoàn Ủy hội Châu Âu tại Việt Nam đến thăm hỏi H.T Huyền Quang. Công an ra lệnh cho nhân viên và bác sĩ bệnh viện gây cản trở cuộc thăm hỏi., cũng như tìm cách quấy nhiểu ông Watson, đệ nhị bí thư tòa Đại sứ Hoa Kỳ tại Hà Nội đến thăm sau đó.
Ngày 13-3-2003, phái đoàn Ủy hội Âu Châu đã mời đón T.T Thích Tuệ Sỹ, Tổng thư ký GHPGVNTN về trụ sở Liên Hiệp Âu Châu để họp trao đổi tìm hiểu tình trạng khó khăn và bị nhà cầm quyền trù dập từ bấy lâu nay.
Ngày 25-3-2003, nhà cầm quyền CSVN lại tìm cách khống chế khủng bố phái đoàn GHPGVNTN bằng cách cô lập H.T Thích Huyền Quang với tất cả các thành viên trong phái đoàn và cả các thị giả có nhiệm vụ chăm sóc sức khoẻ cho H.T đang tạm trú tại chùa Kim Liên, buộc các thành viên phải rời Hà Nội. Ngày 28-3-2003, sau nhiều ngày tìm cách liên lạc tiếp cận H.T Huyền Quang để biết rõ tình trạng sức khoẻ của Ngài, nhưng không được, T.T Thích Tuệ Sỹ phải gởi công bố một thư khẩn thông báo tình hình giam giữ Hoà thượng được "ngụy trang bằng cách biến nhà chùa thành nhà giam." của nhà cầm quyền Hà Nội.
Ngày 2-4-2003, trong khi mọi người chú trọng theo dõi chuyến đi chữa bệnh của H.T Thích Huyền Quang tại Hà Nội, cùng với kiến nghị về vấn đề pháp lý của GHPGVNTN đặt ra cho chính phủ CSVN và MTTQ, không thể né tránh nên Thủ tướng CSVN Phan Văn Khải đã thu xếp tiếp kiến H.T Huyền Quang, một người tù lương tâm không tội suốt 21 năm ròng rã, nhưng không quên tuyên truyền coi đây là những bước đi tự do hóa dần để vận động các nước tự do.
Ngày 4-4-2003, Đại sứ Hoa Kỳ Raymond F. Burghardt tại Hà Nội đến chùa Kim Liên thăm vấn an H.T Thích Huyền Quang và cho biết Hoa kỳ luôn quan tâm và không ngừng can thiệp với nhà cầm quyền CSVN trả tự do cho H.T Huyển Quang và H.T Quảng Độ.
Ngày 7-4-2003, H.T Huyền Quang trở về và ghé Huế thăm các chùa và chư Tôn đức Tăng Ni, Phật tử tại đây. H.T Huyền Quang được chư Tôn đức Tăng Ni, Phật tử tiếp đón rất trọng thể mà không bị ngăn cấm nhứ trước đây, mặc dầu việc theo dõi quản chế chưa giải toả. Sau đó, ngày 9-4-2003, H.T Huyền Quang trở về Bình Định, ở Tu viện Nguyên Thiều, nơi cư trú mới theo sự chỉ định của nhà cầm quyền CSVN.
Ngày 2-5-2003, sau nhiều trở ngại ngăn cản, H.T Huyền Quang cũng được công an hộ tống vào Sài Gòn và được chỉ định trú ngụ tại chùa Ấn Quang (Ban trị sự Thành hội GHPGVN). Ngày 4-5-2003, H.T đến thăm Tu Viện Quảng Hương Già Lam ở Gò Vấp.
Ngày 5-5-2003, mặc dầu bị Ban Tôn Giáo TP. Sài Gòn ngăn cản, nhưng H.T Huyền Quang nhất quyết đến thăm H.T Quảng Độ tại Thanh Minh Thiền Viện sau nhiều năm bị ngăn cách. Trong thời gian này, H.T Huyền Quang cũng thăm viếng các H.T Thích Trí Quang, Thích Trí Tịnh và nhiều Tăng Ni Cư sĩ các chùa, viện tại Sài Gòn trong thời gian này.
Ngày 6-5-2003, H.T được đưa đến gặp tiếp kiến với Chủ tịch UBND Thành phố HCM, ông Lê Thanh Hải. Trong buổi tiếp kiến, H.T lại đặt vấn đề là "Giáo hội PGVNTN có tội tình gì mà không cho hoạt động?". Sau đó, ngày 7-5-2003, H.T Huyền Quang đã gặp H.T Quảng Độ lần thứ hai tại Thanh Minh Thiền Viện để đàm đạo những vấn đề liên quan đến Giáo hội.
Ngày 9-5-2003, bà Emi Yamauchi, Tổng lãnh sự Hoa Kỳ tại Sài Gòn, đã đến thăm viếng H.T tại chùa Ấn Quang và trao đổi riêng một số vấn đề liên quan đến GHPGVNTN. Và sau đó, ngày 21-5-2003, H.T Huyền Quang lại gặp H.T Quảng Độ lần thứ ba để bàn thảo việc quản chế H.T Quảng Độ, và đưa ra chương trình tái tổ chức chỉnh đốn lại nội bộ GHPGVNTN để đi đến việc thống nhất Phật Giáo.
Ngày 17-6-2003, một phái đoàn thuộc Tổng lãnh sự Hoa Kỳ đã viếng thăm Tăng đoàn Thừa Thiên-Huế/ GHPGVNTN tìm hiểu ghi nhận những khó khăn của GHPGVNTN đang bị ngăn cấm trù dập từ bấy lâu nay.
Ngày 27-6-2003, trước sự lưu tâm và phản đối quyết liệt của dư luận quốc tế, nhà cầm quyền CSVN chính thức chấm dứt việc quản chế H.T Viện trưởng Viện Hóa Đạo Thích Quảng Độ. Ngay sau khi chăm lo sức khoẻ sau thời gian dài bị cô lập bởi lệnh quản chế, H.T Viện trưởng VHĐ tiếp tục bắt tay ngay vào việc chấn chỉnh phục hoạt Giáo Hội PGVNTN.
Ngày 8.7.2003, H.T Viện Trưởng VHĐ đã viết thư đệ trình lên Hội Đồng Lưỡng Viện về tình hình GHPGVNTN đang bước sang trong giai kỳ mới. H.T Thích Huyền Quang, Xử Lý Thường Vụ Viện Tăng Thống, đã triệu tập phiên họp Lưỡng Viện tại chùa Nguyên Thiều, Bình Định, vào các ngày 16 và 17 tháng 7 với sự hiện diện của hai vị lãnh đạo tối cao Giáo Hội để giải quyết những vấn đề cấp bách, bổ sung nhân sự chấn chỉnh lại Giáo Hội. Theo quyết định của Hội Đồng Lưỡng Viện, và vì tình hình Giáo Hội trong nước chưa đủ thuận duyên, nên Viện Tăng Thống đã ra giáo chỉ số 04/VTT/XLTV gửi đến Hòa thượng Thích Hộ Giác, Phó Viện trưởng Viện Hóa Đạo kiêm Chủ tịch Hội đồng Điều hành Gíao hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất Hải ngoại tại Hoa Kỳ - Văn phòng II Viện Hóa Đạo, chỉ định "Văn phòng II Viện Hóa Đạo cấp tốc triệu tập Đại hội này trong thời gian nhanh nhất ở hải ngoại"
Ngày 17, 18 và 19.9.2003, Đại lão Hòa thượng Thích Huyền Quang đã triệu tập một cuộc họp của Hội đồng Lưỡng viện, mời chư Tăng về họp bàn việc chấn chỉnh nội bộ GHPGVNTN. Công an ở các địa phương đã gây khó khăn bằng cách cản trở và cấm đoán các Phái đoàn chư Tăng lên đường. Tình hình trở nên căng thẳng và trầm trọng từ nhiều tuần lễ trước đó với những bài viết vu khống và mạ lỵ hàng giáo phẩm và thành viên cao cấp thuộc Giáo hội PGVNTN được tung ra khắp nơi, gửi qua đường Internet và bưu điện tới các chùa, các cơ sở Phật giáo trên toàn quốc cũng như ở hải ngoại. Các chư Tăng đại diện Giáo hội ở Thừa Thiên - Huế, Quảng Trị và Saigon bị Công an tra hỏi và răn đe, như trường hợp HT Thích Đức Chơn, TT Thích Thanh Huyền, TT Thích Viên Định, TT Thích Nguyên Lý tại Sài Gòn; HT Thích Đổng Minh tại Nha trang; HT Thích Minh Tuấn tại Đà Nẵng... Nghiêm trọng nhất là tại Quảng trị và Huế. Tại Quảng trị, Công an đã cấm các xe khách chở TT Hải Tạng, sau đó áp tải Thượng tọa đưa trở về chùa giam lỏng và đặt an ninh canh gác ngay tại chùa, không cho phép di chuyển đi bất cứ đâu. Tại Huế, các tài xế bị Công an cấm không được hợp đồng chở các Thầy đi Bình định. Khi có một tài xế không biết nên nhận lời, nhưng đi đến đèo Hải Vân thì nhận được lệnh của Công an phải quay trở lại bỏ các vị trơ trọi ngay tại đèo. Sự nhẫn tâm này không thể chấp nhận được đối với hai vị Hòa thượng trên 70 tuổi.
Ngày 22.9.2003, HT Viện trưởng VHĐ đã gửi một kháng thư cho thủ tướng CSVN Phan Văn Khải, đặt vấn đề công an địa phương khủng bố và ngăn chận không cho chư Tăng về chùa Nguyên Thiều để họp bàn việc chấn chỉnh nội bộ GHPGVNTN theo lời triệu mời của H.T Thích Huyền Quang. Trước những biến chuyển thuận lợi, một tuần sau đó, Hội Đồng Lưỡng Viện đã tái họp với sự hiện diện của hơn 80 chư tăng các nơi tựu về. Hội Đồng lưỡng Viện đã thông qua việc bổ sung nhân sự thuộc hàng Giáo phẩm vào hai Viện Tăng Thống và Viện Hóa Đạo, đồng thời suy tôn H.T Thích Huyền Quang là đệ tứ Tăng Thống của GHPGVNTN.
Ngày 8.10.2003, từ mờ sáng khi xe riêng của Giáo hội từ Saigon ra đưa Đại lão Hòa thượng Thích Huyền Quang và Hòa thượng Thích Quảng Độ cùng chư Thượng tọa Thích Tuệ Sỹ, Thích Thanh Huyền, Thích Nguyên Lý, Thích Minh Hạnh, hai Đại đức Thích Nguyên Vương, Thích Đồng Thọ... đi Saigon, xe vừa rời khỏi Tu viện Nguyên Thiều chừng 200 thước, thì công an cho một chiếc xe nằm chắn ngang cản lối và tổ chức một nhóm khoảng 20 người nói là "quần chúng nhân dân" bao quanh xe ngăn chận, vỗ vào cửa kiến yêu cầu Đại lão Hòa thượng Thích Huyền Quang "đừng đi Saigon, xin hãy chở về chùa...", đồng thời phá xì 4 lốp xe. Tất cả chư Tăng quyết định ngồi yên trong xe để phản đối. Hòa thượng Huyền Quang quyết định sẽ không rời xe đi đâu hết, và tuyên bố "tuyệt thực để phản đối sự vi phạm tự do đi lại của chư Tăng Phật giáo. Tất cả chúng tôi sẽ ngồi trong xe này cho đến khi công an giải tỏa đường sá...". Đến trưa, dân chúng Phật tử và gần 200 Tăng ni tại Bình Định hay tin kéo đến đông đảo để bảo vệ nhị vị Hoà thượng Thích Huyền Quang, Thích Quảng Độ và chư Tăng đang ngồi an tọa trong xe, ngăn cản không cho công an kéo chiếc xe về Tu viện Nguyên Thiều như họ ra lệnh. Không làm gì được trước khối quần chúng Phật tử đông đảo quyết tâm bảo vệ hàng Giáo phẩm lãnh đạo của họ. Một phái đoàn của nhà nước đến xin gặp Đại lão Hòa thượng Thích Huyền Quang để thương thảo "làm việc". Cuối cùng, vào buổi chiều cùng ngày công an đã phải nhượng bộ để phái đoàn lên đường đi vào Sài Gòn.
Ngày 9.10.2003, quá mệt mỏi vì sự việc xẩy ra kéo dài suốt ngày trong điều kiện thời tiết nóng bức, cũng như để ngăn ngừa bất trắc trong đêm tối, xe phái đoàn đã tạm dừng chân trú ngụ qua đêm tại chùa Linh Sơn ở Vạn Giả, phiá bắc tỉnh Khánh Hoà. Lúc 7 giờ sáng ngày 09.10, phái đoàn tiếp tục lên đường, nhưng vừa rời khỏi điểm khởi hành chưa đầy 50 cây số nơi địa điểm hẻo lánh thì xe bị chận bắt tại đồn công an Lương Sơn, khoảng gần đèo Rù Rì,. Công an lấy cớ rằng tình nghi trên xe có chở hàng lậu, và bắt tất cả 11 vị trên xe còng tay áp giải chuyển qua xe bít bùng đem đi. Tin tức được loan truyền, cùng lúc Viện Hóa Đạo II/ GHPGVNTN tại Úc đang chuẩn bị cho Đại hội bất thường, thư khẩn báo gửi đi khắp nơi cho các tổ chức nhân quyền, truyền thông ngoại quốc và các toà đại sứ các nước yêu chuộng tự do nhân quyền tại VN. Đại diện Tổng Lãnh sự Mỹ quan tâm liên lạc tìm hiểu. Trước phản ứng bất lợi, nhà cầm quyền đã vội đưa các vị lãnh đạo Giáo Hội về cô lập riêng và quản chế giam lỏng tại các chùa và tu viện nơi cư ngụ. Đồng thời tiếp tục chính sách triệt hạ Giáo hội PGVNTN, công an mở chiến dịch liên tục càn quét các chùa liên hệ Giáo Hội PGVNTN, bằng cách xâm nhập ruồng bố xét hộ khẩu trục xuất và làm khó dễ các tăng sĩ giáo hội, năng nề nhất là các chùa ở Thừa Thiên - Huế. Riêng T.T Thích Tuệ Sỹ, nhà nước đã vội lập ra cái tòa "nhân dân đấu tố" để kết án quản chế hành chánh 2 năm ngay trước khi áp tải về chùa Già Lam.
Ngày 10.10.2003, ngay khi được khẩn báo các tổ chức tranh đấu nhân quyền và chính giới quốc tế đã lưu tâm theo dõi và lên tiếng phản đối nhà cầm quyền CSVN. Trong một lá thư chung ký gửi các lãnh đạo CSVN ngày 10.10.2003, 6 Dân Biểu Hoa Kỳ đã bầy tỏ sự quan tâm sâu xa về sự an nguy về việc đàn áp bắt giữ các vị lãnh đạo GHPGVNTN và yêu cầu hãy ngưng mọi sự đàn áp và bắt bớ đối với Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất và những người lãnh đạo giáo hội.
Các ngày 10, 11 và 12. 10.2003, Đại hội Bất thường theo lệnh của Giáo hội trong nước do Văn phòng II Viện Hóa Đạo kết hợp tổ chức đã diễn ra long trọng tại Tu viện Quảng Đức, trong không khí khẩn trương Giáo Hội bị khủng bố đàn áp tại VN. Đại hội được tổ chức nhân dịp Đại lễ khánh thành cơ sở của Giáo hội là Tu viện Quảng Đức tại thành phố Melbourne, Úc châu, do Thượng tọa Thích Tâm Phương làm Viện chủ. Đại hội đã thảo luận về đường lối hoạt động của GHPGVNTN ở trong và ngoài nước vào khúc quanh mới của tình hình,và xu thế mới của thế giới liên quan đến VN. Đặc biệt là vấn đề chấn chỉnh nội bộ và bổ sung nhân sự. Đại hội cũng đã long trọng làm lễ suy tôn đức đệ Tứ Tăng Thống và chư tăng thuộc hàng Giáo phẩm vào hai Viện Tăng Thống và Viện Hóa Đạo.
Sau 3 ngày, ĐH đã đồng thanh Quyết nghị: "Toàn thể Chư Tôn Đức lãnh đạo Giáo Hội tại các châu và đồng bào Phật Tử nhất tề đứng sau lưng Hội Đồng lưỡng viện GHPGVNTN kiện toàn giáo hội phát huy chánh pháp , phục hồi quyền sinh hoạt của giáo hội PGVNTN và yêu cầu nhà cầm quyền VN thực thi tức khắc hoàn trả cơ phận của giáo hội bị chiếm dụng sau năm 1975, trả tự do cho tất cả các tăng ni phật tử hiện còn bị giam cầm, quản chế vì lý do hoạt động tôn giáo, tín ngưỡng , đồng thời Tu sĩ Phật gíáo quyết tâm xây dựng một xã hội ôn hòa phát huy dân chủ ... phát huy tinh thần từ bi, trí huệ lên các lãnh vực văn hóa, giáo dục, kinh bang tế thế, và chú tâm đào luyện thế hệ trẻ ở hải ngoại ....."
Pan V. Anh